Η Ινδονησία είναι η γενέτειρα της επαγγελματικής παλαιοανθρωπολογίας που παραβλέπεται. Στην Ευρώπη στα μέσα του 19ου αιώνα, οι επιστήμονες ανακάλυψαν για πρώτη φορά ένα εξαφανισμένο είδος ανθρωποειδούς: Νεάντερταλ. Στην πραγματικότητα, είναι πιο ακριβές να πούμε ότι τα απολιθώματα του Νεάντερταλ βρέθηκαν από τους λαϊκούς που τους έφεραν τότε στην προσοχή γνωστών ανατομικών. Δεν ήταν μέχρι το 1890 ότι ένας ερευνητής πήγε στον τομέα που ψάχνει για τα οστά ανθρωποειδούς. Ο Eugene Dubois, ένας ολλανδός ιατρός, ταξίδεψε στην Ινδονησία, τότε μια ολλανδική αποικία, αναζητώντας ανθρώπους προγόνους. Το 1891, ανακάλυψε απολιθώματα Homo erectus και έκανε το κυνήγι ανθρωποειδών μια σωστή προσπάθεια - και έκανε την Ασία προορισμό για τους παλαιοανθρωπολόγους.
Trinil: Οι ανακαλύψεις του Dubois έγιναν κοντά στο χωριό Trinil στην κεντρική Ιάβα. Το πρώτο του εύρημα ήταν ένα κρανίο, που σήμερα είναι γνωστό μέχρι σήμερα σε 700.000 έως 1 εκατομμύριο χρόνια. Το κρανίο έμοιαζε ανθρώπινο, αλλά είχε παχιά οστά, βαριά φυσαλίδες και χαμηλό, επικλινές μέτωπο. Ένα χρόνο αργότερα, το 1892, ο Dubois ανέκτησε ένα σχεδόν πλήρες μηριαίο οστό που έμοιαζε σχεδόν μοντέρνο. Αποφάσισε ότι τα οστά ανήκουν σε ένα εξαφανισμένο είδος που ήταν ένας "λείπεις κρίκος" μεταξύ των πιθήκων και των ανθρώπων. Ονομάστηκε το είδος Pithecanthropus erectus ("όρθιος άνθρωπος του αφθώδους πυρετού "). Μερικές φορές ονομάζεται Java Man, το είδος σήμερα ονομάζεται Homo erectus .
Ngandong: Ολλανδοί ερευνητές ανακάλυψαν περισσότερα απολιθώματα Η . Erectus, που αντιπροσώπευαν 15 άτομα, στην Java τη δεκαετία του 1930 κοντά στο χωριό Ngandong στον ποταμό Solo της Java. Μέχρι πρόσφατα, οι παλαιοανθρωπολόγοι πίστευαν ότι τα οστά Ngandong αντιπροσώπευαν έναν πολύ πρόσφατο πληθυσμό H. erectus . Σκεφτόμενοι να είναι ίσως τόσο νέοι όσο 30.000 έως 50.000 χρόνια πριν, αυτοί οι ομοφυλόφιλοι θα μπορούσαν να ήταν σύγχρονοι Νεάντερταλ και σύγχρονοι άνθρωποι που ζουν στην Ευρώπη και τη Δυτική Ασία. Αλλά πιο πρόσφατες αναλύσεις πεδίου εργασίας και χρονολόγησης δείχνουν ότι οι ανθρωποειδείς Ngandong ζούσαν πολύ νωρίτερα, κάποτε μεταξύ 143.000 και 546.000 ετών.
Mojokerto: Το 1936, ένας βοηθός που συνεργάστηκε με την Ολλανδική Γεωλογική Έρευνα έφερε στο φως μια μερική κεφαλίδα ενός παιδιού δύο έως τριών ετών στην ανατολική Ιάβα. Το μέλος της ομάδας, Ralph von Koenigswald, ένας Γερμανός παλαιοντολόγος, αναγνώρισε το κρανίο ως μέλος ενός πρώιμου ανθρωποειδούς, H. erectus . Αν και η ακριβής τοποθεσία και επομένως η ηλικία του απολιθώματος έχει αμφισβητηθεί τα τελευταία χρόνια, οι επιστήμονες γενικά πιστεύουν ότι το κρανίο του Mojokerto χρονολογείται περίπου 1, 8 εκατομμύρια χρόνια πριν. Αυτό το καθιστά ένα από τα παλαιότερα ανθρωποειδή οστά που βρέθηκαν ποτέ εκτός Αφρικής.
Sangiran: Μεταξύ του 1937 και του 1941, ο von Koenigswald βρήκε επιπλέον απολιθώματα H. erectus στη θέση Sangiran στην κεντρική Java. Τα ευρήματα περιελάμβαναν τρία μερικά κρανία, μερικά σιαγόνες και δεκάδες απομονωμένα δόντια. Αυτά τα απολιθώματα, που χρονολογούνται πριν από περισσότερο από ένα εκατομμύριο χρόνια, βοήθησαν να επιβεβαιωθεί η εγκυρότητα του είδους του H. erectus . Σήμερα, οι τουρίστες μπορούν να επισκεφτούν την απολιθωμένη περιοχή, η οποία φιλοξενεί τις συνεχιζόμενες ανασκαφές, καθώς και ένα μουσείο.
Φλόρες: Η πιο πρόσφατη ανακάλυψη των ανθρωποειδών στην Ινδονησία ήταν ένας μεγάλος κλονισμός. Το 2004, μια ομάδα ερευνητών από την Ινδονησία και την Αυστραλία ανακοίνωσαν ότι βρήκαν μια ασυνήθιστη συλλογή απολιθωμάτων στο ινδονησιακό νησί Flores. Τα οστά ανήκαν σε μια μικρή ανθρωποειδής ανθρωποειδής που είχε ύψος μικρότερη από τέσσερα πόδια και ζύγιζε λιγότερο από 70 λίβρες - όμως μερικά από τα απολιθώματα ήταν μόλις 17.000 ετών. Οι ερευνητές αποφάσισαν ότι το "Hobbit" ανήκε σε ένα νέο είδος, Homo floresiensis . Μόλις ο πρόγονος του είδους, ίσως ο H. erectus, έφθασε στο νησί, η ανθρωπότητα εξελίχθηκε για να είναι μικρότερη ως προσαρμογή στη ζωή σε ένα μικρό νησί. Οι επικριτές, ωστόσο, λένε ότι ο Χόμπιτ είναι στην πραγματικότητα ένας σύγχρονος άνθρωπος με κάποια διαταραχή ανάπτυξης.
